Contraloría le dio puntuación negativa a la entidad manejada por Patricia Samudio. Los puntos a analizar fueron: transparencia y control.
Las entidades públicas deberían estar completamente vinculadas al Sistema de Control Interno (SCI), implementado en 2008 (Decreto 962), con el objetivo de transparentar la gestión de los gobiernos y promover el control ciudadano, a través de la rendición de cuentas.
Pero pasaron 11 años y algunas ni siquiera han iniciado la aplicación del SCI, por lo que fueron calificadas de deficientes con puntuación 0 por la Contraloría General de la República, en su auditoría y dictamen sobre el informe financiero del Ministerio de Hacienda, que incluye a empresas públicas y otras instituciones de la administración central, del ejercicio 2018 y cuyos datos fueron publicados en agosto de 2019.
Otras entidades que tuvieron baja calificación, fueron Cañas Paraguayas S.A. y Ferrocarriles.